注射薬には長期型と短期型があり、医師はその人の状況に応じて必要な注射薬を用意します。長期型の排卵誘発剤は1本の注射で7日持ちますが、短期型のの排卵誘発剤は毎日打つ必要があります。また、両者を同時に使用することもできます。現在、排卵注射は主に皮下注射が行われ、注射の痛みは大幅に緩和されています。自宅にて自分で注射することもできますが、自分で注射するのが苦手な方は病院で看護師に注射してもらうこともでき、別途注射費用が発生することはありません。

採卵手術は8時~12時の間に行われ、手術時間は約20～40分です（手術時間は卵子数によって異なります）。採卵前 8 時間は飲食禁止です。

手術中は麻酔をかけ、経腟超音波ガイドで採卵します。手術後は1時間の経過観察後に帰宅でき、入院は不要ですが、当日は十分な休息をとってください。

手術後は注射の傷しか残りませんので縫合は不要です。
採卵時に麻酔を使用するため、手術中はほぼ睡眠時と同じ状態であり、目が覚めると既に手術が終わっているので、基本的に痛みを感じることがありませんが、一部の人は生理中のようなずきずきする傷みを感じたり、膨満感を感じる人もいます。

基本的に卵子凍結が体に与える影響は少なく、後遺症もありません。但し、多嚢胞性卵巣症候群の女性は薬に対する反応が良好であることにより、卵巣過剰刺激症候群（OHSS）を引き起こす可能性がありますので、同症状が発症している女性は、医師が投薬量を抑えることで、副作用の発生を抑えることができます。卵巣の保有数は出生時に固定され、思春期になると毎月生理が来るようになり、両側の卵巣は数10個の卵子の成熟を開始しますが、薬による補助がなければ、毎月分泌される女性ホルモンでは1－2個の卵子しか成熟できず、残りの選ばれなかった小卵胞は自ら萎縮して体によって代謝されます。排卵誘発剤は、各周期で本来萎縮する卵子に成長して採卵されるのに十分なホルモン追加しか行いません。従って、将来の卵子を使用したり、卵子の保存量に影響したり、更年期を早めたりすることはありません。

現在の技術では、冷凍卵子の解凍後の生存率は90％以上です。凍結過程で傷める可能性はありますが、現在のデータでは冷凍卵子で妊娠成功し、出生した新生児は先天的異常の発生率は新鮮な卵子から生まれた新生児と変わません。液体窒素で保存する場合も、卵子は冷凍時間が長くなって品質劣化するこはありません。

ガラス化保存技術がかなり成熟しているため、採卵後はマイナス196度の液体窒素タンクに保存されますが、どのくらい冷凍保存が可能でしょうか？その答えは、理論上永久に保存可能です。但し、人工生殖法の規定で10年と定められています。33歳時の卵子が43歳まで保存できますが、その時点で妊娠の予定がなければ、同意書に署名して保存期間を延長することもできます。